Comment les États-Unis ont perdu la bataille face au SARS-CoV-2

Source : New York Times
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises

Des épidémies invisibles ont surgi de partout. Les États-Unis ont ignoré les signaux d’alerte. Le New York Times analysé les habitudes de voyage, les infections cachées et les données génétiques pour montrer comment l’épidémie a échappé à tout contrôle.

Cela a commencé doucement. Un homme près de Seattle avait une toux persistante. Une femme à Chicago avait de la fièvre et le souffle court.

À la mi-février, il n’y avait que 15 cas de coronavirus connus aux États-Unis, tous ayant un lien direct avec la Chine.

« Dans quelques jours, ces 15 cas vont être réduits à près de zéro« , avait alors déclaré le président Trump.

Les patients ont été isolés. Leurs contacts ont été surveillés. Les voyages en provenance de Chine ont été restreints.

Rien de tout cela n’a fonctionné. Seule une petite partie de la réalité était visible. Quelque 2 000 infections cachées se répandaient déjà dans les grandes villes.

_{Infections non détectées au 15 février, selon les estimations d’une équipe de modélisation de la Northeastern University dirigée par Alessandro Vespignani}

Nous avons retracé la propagation cachée de l’épidémie pour comprendre pourquoi les États-Unis n’ont pas réussi à l’arrêter.

À chaque moment crucial, les responsables américains avaient des semaines ou des mois de retard sur la réalité de l’épidémie. Ces retards ont probablement coûté des dizaines de milliers de vies.

Comment le virus est-il entré ?

L’interdiction de voyager en Chine a été un succès partiel : on estime que seule une poignée de voyageurs infectés en provenance de Chine ont pu entrer dans le pays sans être détectés avant l’imposition des restrictions le 2 février 2020.

Mais cela n’a pas suffi.

Une vaste vague de voyageurs infectés – environ 1 000, selon un modèle – est venue d’autres pays d’Asie, d’Europe et du reste du monde en février, chaque voyageur étant une étincelle dangereuse qui pouvait déclencher une épidémie plus importante.

_{Voyageurs infectés en février, selon les estimations de Northeastern}

Beaucoup de ces infections ont disparu. Mais à la mi-février, quelques-unes se sont embrasées et sont devenues épidémiques, se propageant de manière invisible.

_{Estimation des infections au 15 février dans certaines villes, selon le modèle du Nord-Est. D’autres villes pourraient également avoir connu des flambées précoces.}

Le pays n’était pas conscient de sa propre épidémie. De nombreux tests sortis par le C.D.C. n’ont pas fonctionné, laissant seulement de quoi tester les personnes qui avaient visité la Chine ou qui avaient été en contact avec une poignée de cas connus.

Au cours des deux semaines suivantes, les épidémies invisibles ont doublé de taille, puis ont encore doublé trois fois.

_{Estimation des infections au 1er mars 2020}

Comment les premières épidémies se sont propagées

Fin février, les principaux experts fédéraux en matière de santé ont conclu que le virus était susceptible de se propager largement aux États-Unis et que les responsables gouvernementaux devraient bientôt exhorter le public à adopter des mesures de distanciation sociale, comme éviter les foules et rester chez soi.

Mais Donald Trump voulait éviter de perturber l’économie. C’est pourquoi, à sa demande, certains de ses conseillers en matière de santé ont dit aux Américains, fin février, de continuer à voyager à l’intérieur des États-Unis et de poursuivre leur vie normale.

Et les Américains l’ont fait. Des millions de personnes se sont déplacées à travers le pays, comme le montrent les données des téléphones portables. Certains d’entre eux portaient le virus sans le savoir.

_{Volume de voyages du 1er mars au 14 mars, selon les données agrégées de Cuebiq, une société de renseignement sur les données. Les itinéraires secondaires ne sont pas indiqués.}

Plusieurs chercheurs du Seattle Flu Study ont ignoré les restrictions de tests du C.D.C. et ont découvert un seul cas sans antécédents de voyage fin février. C’était le premier signe que l’épidémie avait mal tourné.

Au cours des deux semaines qui ont suivi, les gens ont effectué environ 4,3 millions de voyages à partir de la région de Seattle.

_{Estimation des cas au 1er mars – Départ de Seattle du 1er au 14 mars}

Des milliers de personnes étaient contagieuses. Des échantillons génétiques liés à l’épidémie de Seattle sont apparus dans au moins 14 États, a déclaré Trevor Bedford, professeur au Fred Hutchinson Cancer Research Center et responsable du Flu Study.

_{Les points rouges indiquent la proportion de voyageurs contagieux, sur la base des estimations de Jeffrey Shaman, de l’université de Columbia.}

Mais Seattle n’était qu’un début. À New York, où les autorités n’avaient trouvé qu’un seul cas au 1er mars, environ 10 000 infections s’étaient propagées sans être détectées.

Les New-yorkais et les visiteurs continuaient de sortir de la ville. Plus de 5 000 voyageurs contagieux sont partis au cours des deux premières semaines de mars, selon les estimations.

_{Les points rouges indiquent la proportion de voyageurs contagieux, sur la base des estimations du Dr Shaman.}

« J‘encourage les New-yorkais à poursuivre leur vie et à quitter la ville », a déclaré le maire Bill de Blasio le 2 mars 2020.

Les gens qui ont quitté New York City ont fait environ 2,8 millions de voyages dans la vallée de l’Hudson. Certains ont transporté le virus avec eux, et les épidémies s’y sont accélérées à la mi-mars, résultat probable des voyages depuis New York, selon une analyse du Times.

_{Cas connus dans la vallée de l’Hudson au 22 mars}

Les gens ont également fait plus de 25 000 voyages à la Nouvelle-Orléans, où les données génétiques suggèrent qu’une importante épidémie précoce est due à des infections provenant de New York, selon Karthik Gangavarapu, un informaticien de Scripps Research, et le Dr Bedford.

_{Cas connus à la Nouvelle-Orléans au 22 mars}

Le suivi des mutations génétiques de la signature du virus permet aux chercheurs d’estimer l’influence des premières épidémies. Au début, les variantes prédominantes dans l’épidémie de Seattle ont été trouvées plus fréquemment.

Mais des échantillons ultérieurs ont montré qu’une variante souvent trouvée dans l’épidémie de New York s’était beaucoup répandue. Une nouvelle analyse de milliers de mutations renvoie aussi directement à New York, a déclaré le Dr Bedford.

Les déplacements à partir de la ville de New York ont contribué à répandre cette variante dans tout le pays.

« New York a joué le rôle de grande gare centrale pour ce virus », a déclaré David Engelthaler, de l’Institut de recherche génomique translationnelle.

Comment les points chauds locaux ont émergé

Lorsque le président Trump a bloqué les voyages en provenance d’Europe le 13 mars, les restrictions étaient pour l’essentiel inutiles.

L’épidémie s’était déjà largement répandue dans la plupart des États depuis des semaines.

Une femme a célébré le Mardi Gras à la Nouvelle-Orléans et est ensuite retournée à Memphis, devenant le premier cas connu dans cette ville. L’épidémie de la Nouvelle-Orléans a contribué à la propagation en Louisiane et dans le Sud.

_{Cas connus au 22 mars – Volume de voyages du 1er mars au 14 mars}

Une personne en deuil originaire d’Atlanta s’est rendue à Albany (Ga.) pour assister à des funérailles. Quelques jours plus tard, le virus a balayé la communauté dans l’une des épidémies les plus meurtrières du pays.

Un homme revenant d’un tournoi de basket à Tucson, en Arizona, aurait apporté le virus dans une petite ville de la nation Navajo, la plus grande réserve amérindienne des États-Unis. Une épidémie a éclaté dans la réserve après un rassemblement à l’église.

Comment l’épidémie a ralenti

Face à une épidémie qui avait dépassé leurs capacités de test ou de traçage, les responsables américains n’ont eu d’autre choix que de demander au public de rester chez lui.

Le 16 mars, quelques semaines après que les responsables de la santé aient conclu en privé qu’une réponse plus active serait nécessaire, le président Trump a demandé aux Américains de limiter leurs déplacements, d’éviter les groupes et de rester chez eux, au travail et à l’école, s’ils se sentaient malades. Un à un, les États ont émis des ordonnances de maintien à domicile et ont fermé des entreprises.

Jusqu’au 10 mars, le citoyen américain moyen se déplaçait à peu près normalement, selon les données du téléphone portable de Cuebiq.

Mais le 17 mars, après l’annonce de Donald Trump, une grande partie du pays a commencé à se fermer.

Source : New York Times
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises