Didier Raoult : Les graves manipulations scientifiques (Partie 5)

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X. Des précédents fâcheux

Les problèmes de probité concernant Didier Raoult ne sont en réalité pas nouveaux :

• 10-1 L’article Science de 2012
• 10-2 Le roi de Photoshop

10-1 L’article Science de 2012

En 2012, le prestigieux magazine Science a publié ce portrait de Raoult (source, vo ou ici en pdf) où on apprenait ceci :

« En 2006, […] il s’est vu interdire temporairement de publication dans une douzaine de revues de microbiologie de premier plan, un épisode au sujet duquel il est encore furieux. Raoult aime à dire que « la vie est pleine de bruit et de fureur », en référence au roman de William Faulkner – et dans son cas, c’est vrai. « Si ma femme n’avait pas été psychiatre, ma folie serait encore plus grande« , dit-il. La folie de Raoult est peut-être un élément clé de son succès. […]

Mais certains scientifiques se plaignent de ce que les manuscrits du laboratoire de Raoult contiennent souvent des erreurs, en raison de séquences génétiques non vérifiées par exemple. En effet, des problèmes dans un article sur un modèle de souris pour l’étude du typhus ont mis son laboratoire sur la sellette en 2006. Un réviseur de Infection and Immunity, une revue publiée par l’American Society for Microbiology (ASM), a découvert que quatre des chiffres figurant dans un manuscrit révisé étaient identiques à ceux du manuscrit original, alors même qu’ils étaient censés se rapporter à une expérience différente. […]

Mais après avoir consulté son comité d’éthique, l’ASM a interdit aux cinq auteurs, dont Raoult, de publier dans ses revues pendant un an. « Nous ne sommes pas vraiment à l’aise avec l’explication avancée« , ont écrit les responsables de l’ASM à Mège. « La déformation des données […] est un outrage à la conduite éthique d‘une recherche scientifique ». […]

Raoult a écrit à l’ASM qu’il n’était pas en faute et que la « punition collective » était « très injuste ». Il a fait appel de l’interdiction, également au nom de deux autres co-auteurs, mais a perdu. Furieux, il a démissionné du comité de rédaction de deux autres revues de l’ASM, a annulé son adhésion à l’Académie américaine de microbiologie, groupe de direction honorifique de l’ASM, et a interdit à son laboratoire de soumettre des articles aux revues de l’ASM, dans lesquelles il avait publié plus de 230 études. […] Pourtant, l’affaire ne semble pas avoir fragilisé la carrière de Raoult.[…]

Mais David Moreira, de l’Université Paris-Sud à Orsay, estime que Raoult sort de ses compétences : « Il a tendance à se lancer dans un domaine qu’il ne connaît pas bien ».

Certains scientifiques affirment qu’il en va de même pour la modélisation des épidémies, un domaine qui a connu une croissance énorme mais que Raoult a maintes fois attaqué comme étant inutile. Les modélisateurs d’épidémies sont des « charlatans », dit-il. « Il n’y a aucun exemple dans le domaine des maladies infectieuses de quelque chose qui ait été prédit par une modélisation« . »

Cet article est vraiment prémonitoire pour la suite… Il est piquant de voir Raoult oser traiter les épidémiologistes de charlatans, alors qu’il s’est totalement trompé à plusieurs reprises en 2020 (contrairement à eux).

Raoult a répondu à ce portrait (source), et sa réponse éclaire particulièrement le personnage :

« Que mon profil ait été publié dans Science a été un honneur. Cependant, j’ai été surpris que 20 % de l’article soit consacré à l’histoire de l’American Society for Microbiology (ASM), dans laquelle j’ai été une victime collatérale d‘une sanction collective (il n’y a plus de responsabilité collective en France depuis la Seconde Guerre mondiale). Je n’ai ni dirigé cet article, ni même vérifié la dernière version. […] En janvier 2007, j’ai reçu l’une des plus hautes distinctions de l’ASM – la conférence de l’ICAAC – ce qui a dissipé les doutes sur mon intégrité scientifique. »

Il réussit donc en 4 phrases dans le plus prestigieux magazine de la planète :

1. à obtenir un point Godwin, et ce de façon ridicule (bien sûr que si un article est manipulé, tous les auteurs vont être sanctionnés !) ;
2. à avouer qu’il n’a pas dirigé l’article en question, ni même relu (ce qui est stupéfiant) ;
3. et à croire que le fait d’obtenir une distinction dissiperait tout doute sur son intégrité scientifique (et la suite a bien montré ce qu’il en était…).

Et ce n’est pas tout :

« Je trouve intéressant que le site web (2) de l’auteur de ce portrait, C. Mary, indique qu’elle travaille pour Danone, une entreprise de produits alimentaires basée à Paris. Mes récents travaux sur le rôle présumé des probiotiques dans l’obésité (3-5) [dont je parle dans mon livre (6)] ont donné une mauvaise presse à Danone et l’ont obligé à revoir sa stratégie marketing [par exemple (7)]. »

On reconnait bien la marque des calomniateurs qui, quand ils sont pris en faute, ne savent que salir ceux qui racontent des vérités qui les dérangent, souvent en agitant la petite musique du complot.

L’auteure a d’ailleurs répondu en deux phrases cinglantes :

« Raoult fait référence à un site web qui n’est plus d’actualité. Ma collaboration avec Danone s‘est limitée à la rédaction de deux lettres d’information en 2002 et 2003 ; je n’ai eu aucun contact avec les représentants de Danone depuis plus de 9 ans. »

Cela signe une personnalité. Et on imagine bien que si Raoult est capable de faire ça dans Science, il doit être capable de beaucoup de choses contre ceux qui le dérangent ou s’opposent à lui – comme le sous-entendait d’ailleurs Science :

« Et pourtant, Raoult est également connu pour ses inimitiés et son mépris envers ceux qui ne sont pas d’accord avec lui. « Les gens n’aiment pas parler de lui parce qu’il a beaucoup d’influence. Il peut vous rendre la vie difficile« , déclare l’un des chercheurs français contactés par Science, et qui ont accepté de parler de Raoult seulement sous couvert d’anonymat. « Peu de ses collègues scientifiques auront l’idée d’en faire un personnage un tant soit peu sympathique« , a écrit le généticien Jean-Michel Claverie de l’université d’Aix-Marseille dans un courriel adressé à Science. Il a pour sa part rompu tout lien avec Raoult en 2006 après cinq ans de collaboration. »

10-2 Le roi de Photoshop

L’IHU de Marseille est connu pour les doutes entourant les images de certaines de ses publications, les soupçons de « Photoshopage » étant nombreuses, comme l’a montré Elisabeth Bik (la scientifique attaquée ensuite par Raoult, comme nous l’avons vu).

Prenons par exemple cet article de 2001 (source pdf, vo, peer) :

S Meconi, C Capo, M Remacle-Bonnet, G Pommier, D Raoult, J L Mege Activation of protein tyrosine kinases by Coxiella burnetii: role in actin cytoskeleton reorganization and bacterial phagocytosis Infection and Immunity (2001) doi: 10.1128/iai.69.4.2520-2526.2001

« La figure 5A semble montrer des transitions de fond horizontales et verticales nettes autour de certaines des cellules fluorescentes. Montré avec des flèches roses. »

Des images pas très naturelles…

Notons que nous retrouvons dans cette étude les auteurs qui seront sanctionnés en 2006 par l’ASM (Capo, Mege, Raoult…).

Passons à cet article de 2005 de Raoult, où le problème est plus explicite : (source en pdf, vo)

Florence Fenollar, Stéphane Sire, Nathalie Wilhelm, Didier Raoult Bartonella vinsonii subsp. arupensis as an agent of blood culture-negative endocarditis in a human Journal of Clinical Microbiology (2005) doi: 10.1128/jcm.43.2.945-947.2005

Il est bref et se base sur ce graphique de cultures cellulaires de différentes espèces du bacille Bartonella :

Bik a trouvé ceci (source) :

« Cadres rouges : les panneaux B (sérum adsorbé par B. vinsonii subsp. Arupensis) et C (sérum adsorbé par B. vinsonii subsp. Berkhoffii) semblent très similaires. Notez la présence d’une bande plus claire dans la voie 3 et de quelques points dans les voies 1 et 2.

Cadres bleus : les voies 1 à 3 du panneau D (sérum adsorbé sur B. quintana) et E (sérum adsorbé sur B. henselae) semblent très proches.

Cadres verts : les pistes 4 et 5 du panneau D (sérum adsorbé sur B.quintana) se ressemblent bien qu’à une exposition différente. Ils ressemblent également à la piste 4 du panneau E (sérum adsorbé sur B. henselae). Une transition d’arrière-plan verticale nette est visible entre les voies 4 et 5 dans le panneau D. »

D’ailleurs cet outil de comparaison d’images (source) montre bien la proximité non naturelle, ici de B et C (différences en rouge) :

et ici de D et E :

On peut donc soupçonner un simple copier-coller de B et C, et une simple retouche pour D et E. Il faudrait que les auteurs s’expliquent.

Passons à 2013 (source pdf, vo, peer) :

Miguel A. De La Cruz, Weidong Zhao, Carine Farenc, Grégory Gimenez, Didier Raoult, Christian Cambillau, Jean-Pierre Gorvel, Stéphane Méress A toxin-antitoxin module of Salmonella promotes virulence in mice PLoS Pathogens (2013) doi: 10.1371/journal.ppat.1003827

« Cadres rouges : trois voies semblent copiées-collées.
Flèches vertes: des transitions d’arrière-plan verticales nettes semblent être visibles entre les voies »

Un des auteurs a répondu ceci à Bik : « Cette image n’aurait jamais dû être publiée et nous nous excusons pour cette erreur. » (source)

Qui n’a jamais fait un faux grossier au labo pendant sa pause café ? L’erreur est humaine…

Autre exemple de 2013 (source pdf, vo, peer) :

S Edouard, G Subramanian, B Lefevre, A Dos Santos, P Pouedras, Y Poinsignon, O Mediannikov, D Raoult Co-infection with Arsenophonus nasoniae and Orientia tsutsugamushi in a traveler Vector-Borne and Zoonotic Diseases (2013) doi: 10.1089/vbz.2012.1083

Ici les deux zones en rouge en D et E sont étrangement similaires :

Passons à 2016, avec les « bactéries fractales » comme les a appelées un twittos (source pdf, vo, peer) :

Aurélien Fotso Fotso , Oleg Mediannikov , Didier Raoult , Claude Nappez , Michel Drancourt , Michel Azza Monoclonal Antibodies for the Diagnosis of Borrelia crocidurae American Journal of Tropical Medicine and Hygiene (2016) doi: 10.4269/ajtmh.15-0436

Indirect immunofluorescence assay detection of Borrelia crocidurae Achema strain (A and B) and clinical isolate B. crocidurae 03-02 (C and D) by purified mouse monoclonal antibodies (MAbs). P3A10 (panel A and C at 1:500 and 1:1,000 dilution, respectively) and P6D9 (panel B and D at 1:500 and 1:1,000 dilution, respectively). MAbs were tagged using a goat anti-mouse IgG conjugated to fluorescein isothiocyanate at 1:400 dilution. Magnification: ×1,000.

« La figure 1 montre deux souches différentes (rangées) et deux anticorps différents (colonnes). Cependant, les panneaux A, B et C semblent montrer des zones de chevauchement, comme le soulignent les cases bleues et magenta. »

Terminons par 2018 (source pdf, vo, peer) :

M Kowalczewska, A N’Djatchi , C Nappez , S Alwassouf, P Decloquement, N Armstrong, K El Karkouri, S Edouard, D Raoult Identification of rickettsial immunoreactive proteins using a proximity ligation assay Western blotting and the traditional immunoproteomic approach Comparative Immunology Microbiology and Infectious Diseases (2018) doi: 10.1016/j.cimid.2018.06.004

« Figure 2. Cadres rouges : les panneaux B (sérum négatif pour R. conorii IFA sur le protéome 2D résolu par R. conorii) et E (sérum négatif pour R. africae IFA sur le protéome 2D résolu par R. africae) semblent similaires. Notez la présence d’une double tache en forme d’oeuf sur le côté gauche de la tache, et la présence de plusieurs points et taches tout au long de la tache. Pourtant, l’exposition, la position des flèches ajoutées et les étiquettes des protéines sont différentes ? Les auteurs pourraient-ils préciser si ces 2 Western blots 2D différents incubés avec 2 sérums différents devraient être si similaires, et pourquoi des taches protéiques similaires ont des étiquettes différentes? »

Et en effet, c’est stupéfiant, mais Raoult a réussi l’exploit de nommer différemment les taches protéiques de 2 photos clairement identiques (au contraste légèrement modifié) :

Merci donc à Elisabeth Bik pour son travail et à Leonid Schneider pour la synthèse (source).

Conclusion

Au final, il est clair que, au vu d’un tel manque d’éthique et d’intégrité, on comprend mieux pourquoi Didier Raoult n’aime pas les lanceurs d’alerte – mais ses arguments, là encore, ne manquent pas de sel :

« Moi, je souhaite très profondément, je ne sais pas si ça arrivera, mais je souhaite que l’État, maintenant, qu’il y ait une sanction ou un contrôle des lanceurs d’alerte fantasques, si vous voulez, des gens qui racontent des bêtises que la presse reprend en disant : « Moi, j’ai les syndromes de la ménopause parce que j’ai eu le vaccin contre le papillomavirus », moi j’ai eu ceci, moi j’ai eu cela. La presse rapporte ça et il n’y a pas de contre-pouvoir à cette folie de, tiens, encore une raison d’avoir peur, contre un véritable projet de santé publique. Et donc, moi je souhaite qu’un jour se mette en place des structures qui permettent de sanctionner des fausses alertes qui sont antagonistes de la réalité scientifique. Je ne crois pas à la censure de la vérité scientifique, même si les politiques ou des journalistes y croient, mais en réalité, je suis pour la censure des fausses informations. Donc on ne peut pas véhiculer dans la presse le fait que quelqu’un téléphone en disant : « Écoutez, on m’a vaccinée »… Je vous le dis parce que je l’ai lu. « À l’époque, on m’a vaccinée contre le papillomavirus, et depuis j’ai mal à la tête, je me sens comme si j’avais la ménopause. » Donc tous les effets nocebos, les effets délétères des injections qui n’ont rien à voir avec l’injection, il faut faire très attention de manier ça avec prudence, parce qu’il faut des années ensuite pour récupérer des bruits qui ont véhiculé et qui ont été transmis sans vérification pour faire du scoop. Donc je pense que notre problème de santé publique, il est là. Il n’est pas à dire ce qui se passe pour de bon quand on est un scientifique et qu’on observe les choses, il est à rapporter les rumeurs comme si elles étaient aussi valides que de l’information scientifique. » [Didier Raoult, 2019]

Terminons par ces mots qui signent une époque (source) :

Par cette longue série de billets, nous souhaitons confirmer à la communauté scientifique internationale la triste situation qui règne à Marseille, et l’appeler à ne plus tenir compte des publications de l’IHU – il faut systématiquement refaire ses expériences.

Il est bien triste de constater la réalité que, derrière le marketing du « plus grand microbiologiste français », qui conseille le gouvernement et Macron, se trouve – pour reprendre ses propres termes selon Science – un charlatan. Un pur charlatan, au sens juridique du terme :

Article R. 4127-39 du Code de la santé publique (reprenant l’article 39 du Code de déontologie médicale – Charlatanisme)

Les médecins ne peuvent proposer aux malades ou à leur entourage comme salutaire ou sans danger un remède ou un procédé illusoire ou insuffisamment éprouvé.

Toute pratique de charlatanisme est interdite.

Et ceci est terriblement caractéristique de la France, qui tolère des individus menteurs et manipulateurs à de hauts postes, les relations remplaçant le talent.

Il est également vrai que de nombreuses personnes préfèrent être trompées, plutôt que d’affronter une triste vérité (et avoir été trompé en est une).

En espérant avoir été utiles à l’intérêt général.