Source : The New York Times, Katherine J. Wu
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises
Une comparaison directe entre les tests de laboratoire et les tests rapides de détection des coronavirus a suscité des réactions mitigées des experts, qui ont exprimé des inquiétudes quant à leur précision.
Un site de test rapide de coronavirus antigène au volant à Miami. Des millions de tests antigéniques rapides ont déjà été déployés à travers les États-Unis, mais les experts s’inquiètent de leur capacité à détecter les cas asymptomatiques
Alors que le nombre de cas de coronavirus aux États-Unis dépasse les 9,2 millions, les experts continuent de réclamer une augmentation considérable de tests chez les personnes en bonne santé et les malades – une mesure nécessaire, disent-ils, pour freiner la propagation d’une infection qui peut se propager rapidement et silencieusement dans la population.
L’une des stratégies a consisté à généraliser l’utilisation de tests rapides, qui ne nécessitent pas d’équipement sophistiqué et qui permettent d’obtenir des résultats en quelques minutes. Achetés en gros par le gouvernement fédéral et expédiés dans tout le pays, des millions de ces produits ont déjà été répartis dans des cliniques, des maisons de retraite, des écoles, des installations d’équipes sportives et bien d’autres, laissant espérer que les tests pourront accélérer le retour à la normale.
Mais une nouvelle étude jette le doute sur le fonctionnement promis des tests rapides en conditions réelles, surtout lorsqu’ils sont utilisés chez des personnes sans symptômes.
Dans une comparaison directe, des chercheurs de l’université d’Arizona ont découvert que, chez les personnes présentant des symptômes, un test rapide fabriqué par Quidel pouvait détecter plus de 80 % des infections à coronavirus détectées par un test PCR plus lent, effectué en laboratoire. Mais lorsque le test rapide a été utilisé pour dépister au hasard des étudiants et des membres du personnel qui ne se sentaient pas malades, il n’a détecté que 32 % des cas positifs identifiés par le test PCR.
Les tests de Quidel ne sont autorisés que pour les personnes présentant des symptômes, mais leur utilisation pour les personnes asymptomatiques a été fortement encouragée par le gouvernement fédéral. En septembre, la Maison Blanche a annoncé des plans détaillés pour acheter et distribuer 150 millions de tests de dépistage rapide d’antigènes fabriqués par une autre société, Abbott.
« Ce sont des données vraiment précieuses qui ont été difficiles à obtenir », a déclaré le Dr Benjamin Mazer, un pathologiste de l’Université Johns Hopkins qui n’a pas participé à l’étude. « Mais 32 %, c’est une sensibilité très faible. Et j’en suis surpris. »
Les données de l’université, qui n’ont pas encore été publiées dans une revue scientifique à comité de lecture, ont été évaluées par le Dr Mazer et plusieurs autres experts indépendants à la demande du New York Times. Selon eux, les tests rapides de détection des coronavirus comme celui de Quidel devraient être mis en œuvre avec le plus grand soin – et s’accompagner d’explications claires sur la manière dont les résultats doivent être interprétés.
Jusqu’à présent, une grande partie des tests de détection des coronavirus repose sur une technique de laboratoire appelée réaction en chaîne de la polymérase, ou PCR, qui peut amplifier de très petites quantités de matériel génétique du virus, et qui est suffisamment sensible pour détecter l’agent pathogène même lorsqu’il est rare. Mais ces tests sont lents et coûteux, et il faut parfois plusieurs jours pour obtenir les résultats. À l’université de l’Arizona, qui accueille près de 50 000 étudiants et membres du personnel au cours d’une année classique, les ressources du laboratoire sont suffisantes pour effectuer seulement environ 1 500 tests de PCR chaque semaine, a déclaré David Harris, chercheur sur les cellules souches et auteur de l’étude.
Le test de Quidel, appelé le Sofia, recherche des fragments de protéines de coronavirus, ou antigènes, au lieu de matériel génétique. Il est moins précis que les tests basés sur le PCR. Mais il ne prend que 15 à 30 minutes, en utilisant un instrument de la taille d’un grille-pain, et coûte environ 23 dollars, contre 50 dollars ou plus pour un test PCR typique.
Depuis le printemps, l’université a acheté et administré plus de 40 000 tests Sofia, a déclaré le Dr Harris, et dispose maintenant d’assez d’appareils Quidel et de personnel pour traiter environ 2 000 tests rapides par jour.
Le Dr Harris et ses collègues ont évalué près de 2 500 personnes de juin à août. Parmi les 885 personnes qui avaient présenté des symptômes de type Covid-19 ou qui avaient été récemment atteintes par le coronavirus, 305 ont été testées positives par PCR – 54 d’entre elles n’ont pas été détectées par le test de l’antigène, soit 18 %.
Ce chiffre aurait pu être inférieur si le groupe test avait inclus uniquement des personnes présentant des symptômes, a déclaré Doug Bryant, le président et directeur général de Quidel, dans une interview. Le manuel d’instruction de Sofia affirme que le produit peut détecter 96,7 des infections détectées par les tests P.C.R. lorsqu’ils sont utilisés sur des personnes dans les cinq premiers jours de leur maladie. (Le Dr. Harris a déclaré qu’il ne savait pas quelle proportion des personnes du groupe de 885 étaient symptomatiques).
Les chercheurs ont également dépisté le virus chez 1 551 autres personnes sélectionnées au hasard et ne présentant aucun symptôme. Dix-neuf d’entre elles ont été testées positives par le PCR ; parmi celles qui l’ont fait, seules six ont été repérées par le Sofia.
« Les données concernant le groupe symptomatique sont correctes », a déclaré Jennifer Dien Bard, directrice du laboratoire de microbiologie clinique et de virologie de l’hôpital pour enfants de Los Angeles, qui n’a pas participé à l’étude. « Mais détecter moins de 50 % dans le groupe asymptomatique ? C’est pire qu’à pile ou face. »
Parmi les personnes ne présentant pas de symptômes, le Sofia a également produit plus de faux positifs que de positifs confirmés par PCR, identifiant par erreur sept participants comme étant infectés alors qu’ils n’étaient pas porteurs du coronavirus.
Interrogé sur les performances médiocres du Sofia chez les personnes asymptomatiques, le Dr Harris a déclaré : « Je pense que tout le monde s’y attendait. »
Mais lui et ses collègues ont fait valoir dans leur manuscrit que certains des asymptomatiques qui ont été testés positifs au PCR, mais négatifs au test rapide, pourraient avoir été oubliés pour de bonnes raisons : Ils avaient trop peu de coronavirus pour le transmettre à d’autres.
Certains tests basés sur le PCR peuvent être configurés pour produire un nombre appelé seuil de cycles, ou C.T., qui augmente à mesure que la quantité de virus dans l’organisme diminue.
Sur les 13 personnes asymptomatiques qui n’ont pas été identifiées par le test de Sofia, 12 avaient des valeurs C.T. autour de 30.
À ces valeurs élevées, nous ne savons même pas si un test PCR est « correct », a déclaré Werner Kroll, vice-président responsable de la recherche et du développement chez Quidel. Comme pour tout outil de diagnostic, des faux positifs peuvent apparaître dans les tests basés sur le PCR. Ces tests peuvent également détecter des fragments génétiques inoffensifs du coronavirus qui restent dans le corps pendant des semaines après la guérison.
Les chercheurs ont également été incapables de cultiver le coronavirus à partir d’échantillons provenant de volontaires dont les tests PCR avaient des valeurs C.T. supérieures à 27. « Si je n’ai pas de virus vivant, je ne suis pas du tout contagieux », a déclaré le Dr Harris.
Lorsque le Dr Harris et ses collègues ont écarté de leur série de données tous les positifs au PCR avec des valeurs C.T. supérieures à 30, le test rapide a détecté plus de 85 % des infections à coronavirus détectées par le test de laboratoire, que les personnes soient symptomatiques ou non.
M. Bryant, de Quidel, qui a reçu une première copie de l’étude de l’Université d’Arizona, a salué les résultats comme « très, très bons », citant la capacité de Sofia à débusquer « les gens qui sont contagieux ».
Quidel, qui mène plusieurs études de son côté, n’a pas encore de résultats définitifs montrant que le Sofia fonctionne chez les personnes ne présentant pas de symptômes de Covid-19. Mais « sur la base des données obtenues jusqu’à présent, il semble qu’ils soient applicables à cette population », a déclaré M. Bryant à propos des résultats de son entreprise.
D’autres experts ont conseillé la prudence.
Bien que les valeurs C.T. aient tendance à augmenter lorsque les niveaux de virus diminuent, il existe des exceptions à cette tendance – et il n’y a pas de « seuil magique » universel de contagion, a déclaré le Dr Dien Bard.
Ne pas réussir à cultiver le coronavirus à partir de l’échantillon d’une personne ne garantit pas non plus que cette personne ne soit pas contagieuse, a déclaré Omai Garner, le directeur associé de la microbiologie clinique du système de santé de l’UCLA, qui n’a pas participé à l’étude.
Plusieurs experts ont fait remarquer que l’étude de l’université de l’Arizona n’a pas retracé la transmission parmi ses participants, ce qui rend impossible de tirer des conclusions sur la manière dont le virus s’est propagé et sur les personnes qui l’ont transmis.
Le Dr Harris a déclaré que certaines des inquiétudes concernant la précision du Sofia pourraient être levées grâce à des tests répétés. Dépistées assez fréquemment avec un test rapide, les personnes infectées qui passent à côté d’un Sofia seraient probablement détectées avec le suivant, surtout si les niveaux de virus dans leur corps augmentent, a dit le Dr Harris. Lui et ses collègues rassemblent actuellement des données sur les athlètes de l’Université d’Arizona, qui sont testés quotidiennement, pour étudier cette possibilité. Quidel a également établi un partenariat avec les conférences Pac-12 et Big Ten [Associations sportives d’université, NdT] pour effectuer des tests quotidiens.
Les personnes présentant des symptômes ou ayant été exposées au coronavirus devraient tout de même subir les tests les plus précis et les plus fiables qui soient – ceux qui utilisent le PCR, a déclaré Susan Butler-Wu, une microbiologiste clinique de l’université de Californie du Sud qui n’a pas participé à l’étude. D’autres données, a-t-elle ajouté, seront nécessaires pour déterminer comment les tests rapides s’intègrent dans un système de diagnostic plus large.
Pourtant, avec des dizaines de milliers de tests de coronavirus réalisés et un nombre relativement faible de cas, « il semble que l’université de l’Arizona fasse quelque chose de bien », a déclaré Linoj Samuel, microbiologiste clinicien au Henry Ford Health System de Detroit.
« Vous devez accepter que certains vous échapperont », a déclaré le Dr Samuel. Mais dans une population à faible risque composée principalement de jeunes étudiants, « si c’est le prix à payer pour subir un test de dépistage par rapport à l’absence de test, cela reste acceptable », a-t-il ajouté, surtout si le PCR est disponible pour vérifier les résultats positifs.
Le Dr Harris a déclaré qu’il restait confiant dans la capacité des tests rapides à assurer la sécurité du corps étudiant. « Jusqu’à ce que quelqu’un puisse trouver une meilleure façon de le faire avec un délai d’exécution rapide, a-t-il dit, cela semble être la meilleure façon de procéder. »
Source : The New York Times, Katherine J. Wu, 03-12-2020
Traduit par les lecteurs du site Les-Crises
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