Le SRAS-COV-2 se propageait déjà en France fin décembre 2019

Source : ScienceDirect – International Journal of Antimicrobial Agents
Traduit par l’équipe Les-Crises

• Le Covid-19 se répandait déjà en France fin décembre 2019, un mois avant les premiers cas officiels dans le pays.
• Cette propagation précoce modifie notre connaissance et notre compréhension de l’épidémie de covid-19.
• Les études de modélisation devraient s’adapter à ces nouvelles données.

Résumé

Officiellement, l’épidémie de COVID-19 aurait débuté fin janvier 2020 en France. Nous rapportons ici le cas d’un patient hospitalisé en décembre 2019 dans notre service de réanimation, de notre hôpital du nord de Paris, pour une hémoptysie sans diagnostic étiologique et pour lequel une RT-PCR a été réalisée rétrospectivement sur l’échantillon respiratoire stocké, et qui a confirmé le diagnostic d’infection par COVID-19. Sur la base de ce résultat, il apparaît que l’épidémie de COVID-19 a débuté beaucoup plus tôt.

Introduction

Après son apparition en décembre 2019 en Chine, le nouveau coronavirus (SARS-COV-2) se répand largement dans plusieurs pays, provoquant la maladie COVID-19. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré le COVID-19 comme pandémie le 11 mars 2020. La France a signalé les premiers cas d’infection liés au SARS-COV-2 le 24 janvier 2020. Les deux cas avaient des antécédents de voyage à Wuhan.

A notre connaissance, ces 2 cas seraient les premiers cas confirmés en France. Le COVID-19 est le plus souvent associé à un syndrome grippal (ILI). Alors que la Chine était confrontée à une épidémie de COVID-19, les pays européens étaient aux prises avec la grippe saisonnière. La symptomatologie clinique du COVID-19 et de l’ILI est similaire, c’est pourquoi nous avons décidé rétrospectivement de rechercher le SRAS-COV2 dans les échantillons respiratoires prélevés dans les unités de soins intensifs (USI) de notre hôpital près de Paris.

Méthode

Nous avons examiné les dossiers médicaux des patients des USI admis pour une ILI entre le 2 décembre 2019 et le 16 janvier 2020, avec un RT-PCR négatif effectué à l’admission. Tous les échantillons respiratoires prélevés dans notre hôpital sont congelés à -80°C dans un congélateur ThermoScientific -86°C et conservés pendant quatre ans en cas de besoin d’analyses complémentaires.

Les échantillons prélevés sur des patients présentant à la fois des symptômes de SG (fièvre supérieure à 38,5°C, toux, rhinite, mal de gorge ou myalgie) et une opacité de verre broyé selon leur dossier médical ont subi une RT-PCR pour le SRAS-COV-2. Une description de la sélection des échantillons est disponible dans la figure 1.

_{Figure 1. Processus de sélection pour les tests.}

Test Covid-19

La RT-PCR SARS-COV-2 a été réalisée sur les 14 biobanques sélectionnées entre le 6 et le 9 avril 2020. La RT-PCR a été réalisée strictement selon le protocole de la Charité ciblant le gène E, codant pour la protéine d’enveloppe, pangénomique du SARS-COV-1 et du SARS-COV-2, sur un appareil QuantStudio7 (Thermofisher).

Le résultat positif (figure 2) a été confirmé avec le kit Gene finder® COVID19 Plus RealAmp (IFMR-45) selon les recommandations du fabricant. Ce test cible 3 gènes viraux (RdRp, E et N codant respectivement pour l’ARN polymérase ARN dépendante, l’enveloppe et la protéine nucléocapside), et le gène cellulaire RNAse P, afin de confirmer la qualité de l’échantillon respiratoire.

_{Figure 2. Résultat du test RT-PCR du protocole Charité.}

Résultats

Pendant la période de l’étude, 14 (24%) patients sur 58 admis pour une ILI ont été inclus dans notre analyse (Tableau 1). Un échantillon a été positif, prélevé sur un homme de 42 ans né en Algérie, qui a vécu en France pendant de nombreuses années et a travaillé comme poissonnier. Son dernier voyage a eu lieu en Algérie en août 2019. L’un de ses enfants a présenté un SG avant l’apparition de ses symptômes. Ses antécédents médicaux étaient : asthme, diabète sucré de type II.

Il s’est présenté aux urgences le 27 décembre 2019 avec une hémoptysie, une toux, des maux de tête et de la fièvre, évoluant pendant 4 jours. L’examen initial n’a rien révélé de particulier et la tomodensitométrie effectuée a révélé une opacité bilatérale du verre rodé dans les lobes inférieurs (figure 3). À l’admission, il souffrait de lymphopénie, d’un taux élevé de protéine C-réactive et de fibrinogène, alors que la calcitonine était à un niveau normal.

Aucun agent pathogène n’a été identifié sur l’échantillon d’expectorations prélevé dans le service des urgences. Le patient a été admis aux soins intensifs avec une thérapie antibiotique, et l’évolution a été favorable jusqu’à sa sortie le 29 décembre 2019.

_{Figure 3. Tomodensitométrie thoracique réalisée au départ. Les opacifications bilatérales du verre rodé apparaissent dans les lobes inférieurs}

Discussion

Nous signalons une observation d’un patient infecté par le COVID-19 un mois avant les premiers cas signalés dans notre pays. Lors de son admission, le patient présentait des signes cliniques et des schémas radiologiques fréquemment observés auparavant dans les cohortes chinoise et italienne.

L’identification du premier patient infecté est d’un grand intérêt épidémiologique car elle modifie considérablement nos connaissances sur le SRAS-COV-2 et sa propagation dans le pays. De plus, l’absence de lien avec la Chine et l’absence de voyages récents suggèrent que la maladie se propageait déjà dans la population française à la fin du mois de décembre 2019.

Des études supplémentaires sont nécessaires pour évaluer l’apparition réelle du SRAS-COV-2 sur le territoire français, l’étendue réelle de la contamination de la population par le SRAS-COV-2 fin 2019 et en janvier 2020, et explorer les décès potentiels non remarqués qui auraient pu survenir à ce moment-là.

Le COVID-19 est considéré comme responsable de 86334 cas et 12210 décès au 10 avril 2020 en France, mais nos conclusions suggèrent que ces chiffres pourraient sous-estimer la charge réelle du COVID-19. Deux études récentes ont suggéré qu’environ 18 à 23 % des personnes infectées par le SRAS-COV-2 étaient asymptomatiques16 et qu’environ 55 % des infections étaient causées par des personnes infectées non identifiées . Nos résultats soutiennent fortement ces deux hypothèses, suggérant que de nombreux patients asymptomatiques n’ont pas été diagnostiqués en janvier 2020 et ont contribué à la propagation de cette épidémie.

En outre, comme ces résultats modifient notre compréhension de la dynamique de l’épidémie, cela signifie également que plusieurs modèles utilisés pour prédire l’évolution et les résultats de la propagation du SRAS-COV-2 pourraient être basés sur des données biaisées et devraient être ajustés au profil réel de l’épidémie.

Notre étude présente plusieurs limites. Tout d’abord, en raison de la nature rétrospective des analyses effectuées, les dossiers médicaux n’étaient pas exhaustifs et certaines informations pertinentes pouvaient manquer.

Deuxièmement, nous ne pouvons pas exclure la possibilité de faux résultats négatifs en raison de la sensibilité de la RT-PCR et d’une technique de stockage qui pourrait nuire à la qualité des échantillons. Pour éviter tout faux résultat positif, nous avons pris toutes les précautions d’usage et nous l’avons également confirmé par deux techniques et un personnel différents.

Troisièmement, nous avons limité nos analyses à quelques échantillons seulement et nous avons choisi de limiter les dossiers sélectionnés aux patients des unités de soins intensifs présentant des symptômes compatibles et à la tomodensitométrie, même si la plupart des patients présentent en fait des symptômes légers.

Quatrièmement, nous avons limité nos analyses aux patients dont la PCR multiplex était négative à l’époque, même si la contamination croisée a été décrite dans la littérature.

Enfin, nous avons mené une étude monocentrique dans le nord de la région parisienne, qui a été particulièrement touchée par cette épidémie. Ces limitations pourraient expliquer pourquoi nous n’avons pu identifier qu’une seule personne infectée par le SRAS-COV-2, dans notre population.

Source : ScienceDirect – International Journal of Antimicrobial Agents
Traduit par l’équipe Les-Crises